理事会是全国代表大会闭会期间的执行机构，对全国代表大会负责并报告工作。理事会全体会议每年举行一次，由常务理事会召集。常务理事会认为必要，或者监事会提议，或者三分之一以上理事提出请求，可以临时召集理事会全体会议。
职权是：
（一）组织召开全国代表大会，执行其决议；
（二）组织实施《中华全国供销合作总社章程》第八条规定的各项职能和任务；
（三）研究部署总社重要工作，指导全国供销合作社改革发展，促进成员社之间经济联合与合作；
（四）批准接纳成员社或者取消成员社资格；
（五）代表总社履行出资人职责；
（六）行使《中华全国供销合作总社章程》规定的其他职权。